הסדרה "הספינה האחרונה" תגולל את סיפורם של צוות משחתת קרב בעולם שבו התרחש אסון גלובלי אשר הביא למותם של כל בני האדם, טוב כמעט של כולם, מלבד אותה משחתת אמריקאית. צוות הספינה מבין שלא נותר להם ברירה ומבינים כי הם חייבים להתמודד עם המציאות החדש של קיומם בעולם שבו הם עשויים להיות הניצולים היחידיים.