Falling Skies מתחיל בתוצאות המזוית של מתקפה זרה שהשאיר את רוב העולם במצב כשל מלא. במשך ששת החודשים מאז ההתקפה הראשונה, קבוצה קטנה של ניצולים התאספה מחוץ לעיר הגדולה כדי להתחיל את המשימה הקשה של התנגדות. כל יום הוא מבחן הישרדות, חיילים אזרחיים עובדים כדי להגן על האנשים תחת הטיפול שלהם, תוך כדי הצטרפותם לקמפיין מרד נגד כוחות האויב הזרים.