בעבר, בגלקסיית פגסוס, התיישבו הקדמונים עם עירם המעופפת אטלנטיס. אולם, עד מהרה הם גילו כי הגלקסיה שורצת בגזע חייזרי מאיים, ויצאו למלחמה נגדם. הם הפסידו ונאלצו להשקיע את העיר אל מתחת לפני הים ולנטוש אותה. בהווה, משלחת רב לאומית המורכבת ממדענים ואנשי צבא עוברת ב-"סטארגייט" אל עבר גלקסיית פגסוס, לאחר שנמצאו באנטארטיקה רמזים לקיומה של העיר האבודה אטלנטיס.