בשנת 2020, טכנולוגיה נמצאת בכל מקום וכל מכשיר מחובר לרשת האינטרנט. האנושות אמנם לא מודעת לכך, אבל יצורים בשם דיג'ימונים חיים באותה רשת. יאגאמי טאיצ'י הוא תלמיד בכיתה ה' שמוצא את עצמו באותו עולם דיגיטלי כאשר תופעות מוזרות מתחילות להתרחש ברחבי טוקיו, ומכניסות את אחותו ואמו לסכנה. שם הוא מתחבר לדיג'ימון בשם אגומון, ומבין שיש ביכולתו לעזור לפתור את הבעיות שפוקדות כרגע את העולם שלו.