התעלמות מחוקי האלכימיה גרמה לאדוארד אלריק לאבד חצי מהשרירים שלו והשאיר את נשמתו של אחיו אלפונס קשורה למעיל. כדי לשחזר את מה שאבד, האחים מחפשים את האבן הפילוסופית. אויבים ושותפים – הצבא המפוקפק, ההומונקולות והאלכימאים החיצוניים – ישנו את מסלול האחים, אך המטרה שלהם נותרת ללא שינוי והקשר שלהם בלתי נשבר.