Amiraali James T. Kirk vaikuttaa alistuneen siihen, että meneillään oleva rutiinitehtävä voi jäädä hänen uransa viimeiseksi. Sitten Khan tekee paluun ryminällä. Geenimanipuloitujen joukkojensa avustama Khan - nerokas lainsuojaton 1900-luvun Maasta - on hyökännyt Regula One -avaruusasemalle, varastanut huippusalaisen Genesis laitteiston, onnistunut kaappaamaan tähtilaivastolta toisen avaruusaluksen ja punoo nyt arkkiviholliselleen Kirkille kuolettavaa ansaa... joka uhkaa tuhota koko universumin.