Falling Skies åbner i den kaotiske eftervirkning af et alienangreb, der har efterladt størstedelen af verden fuldstændigt handicappet. I de seks måneder siden den første invasion har de få overlevende samlet sig uden for de store byer for at starte den svære opgave at kæmpe tilbage. Hver dag er en test af overlevelse, mens borger-soldaterne beskytter de mennesker, de tager sig af, samtidig med at de engagerer sig i en oprørskamp mod den besættende alienstyrke.