Historien starter omtrent ti år før begivenhederne i den oprindelige Star Trek og følger besætningens rejser på rumskibet USS Discovery og deres opdagelser af nye verdener og civilisationer som i de andre serier MEN det handler også om den lange tidslinje og om en speciel hændelse og begivenhed i Star Trek historien de er blevet fortalt men som aldrig er blevet udforsket.