To årtier efter det første angreb mod Jorden har menneskeheden opbygget et fælles forsvarssystem baseret på udenjordisk teknologi. Da en ny trussel opstår, samles både tidligere nøglepersoner som David Levinson og Whitmore og en ny generation, heriblandt Jake Morrison, Dylan Hiller og Dr. Catherine Marceaux, for at håndtere situationen.