Siden Molly som barn mødte et rumvæsen, har hun stræbt efter at lære om universets mysterier, og hun får muligeden, da hun en dag bliver en del af den hemmelige organisation Men In Black. Hun sendes til London-afdelingen og bliver sat sammen med den skødesløse og arrogante Agent H, men allerede under deres første mission indvikles makkerparret i et større intergalaktisk våbenkapløb.