Ganske vist døde Ellen Ripley i 'Alien 3', men ved hjælp af nogle blodprøver bliver hun klonet og genopstår ombord på et videnskabeligt-militært rumfartøj. Videnskabsmændene fjerner den alien, som er inde i hende med henblik på at studere og tæmme den. Men - ikke overraskende - kan den ikke tæmmes, og snart er helvede løs om bord.