To år efter begivenhederne i den Fjerde Store Ninja-krig begynder månen, som Hagoromo Otsutsuki skabte for længe siden for at forsegle Gedo-statuen, at sænke sig mod verden og truer med at blive en meteor, der vil ødelægge alt ved nedslaget. Midt i denne krise forsøger en direkte efterkommer af Kaguya Otsutsuki ved navn Toneri Otsutsuki at kidnappe Hinata Hyuga, men ender med at bortføre hendes yngre søster Hanabi. Naruto og hans allierede iværksætter nu en redningsmission, før de befinder sig i en sidste kamp for at afgøre altings skæbne.