Den geniale forsker Seth Brundle har fundet en metode til at teleportere levende væsener fra den ene ende af kloden til den anden. Han har bygget en maskine, der kan splitte et menneske op i atomer og samle det igen et andet sted. I hvert fald i teorien, for indtil videre er den kun testet på aber med varierende resultat. Da det endelig lykkes ham at få maskinen til at virke rigtigt, beslutter han sig for at afprøve den på sig selv. Desværre sniger der sig en lille flue med ind i teleporteren, så da Seth aktiverer maskinen, bliver han og fluen blandet sammen. Til at starte med bemærker Seth ikke, at der er noget galt, men gradvist begynder fluens DNA at overtage hans krop.