For seksten år siden slipper en mystisk maskeret ninja en magtfuld skabning kendt som Den Ni-Halede Dæmonræv løs i den Skjulte Bladlandsby Konoha og dræber mange mennesker. Som svar lykkes det den fjerde Hokage Minato Namikaze og hans kone Kushina Uzumaki, Dæmonrævens levende fængsel eller Jinchūriki, at forsegle skabningen inde i deres nyfødte søn Naruto Uzumaki. Med Halebæstet forseglet fortsatte tingene som normalt. Men i nutiden ophørte freden, da en gruppe ninjaer kaldet Akatsuki angriber Konoha under ledelse af Tobi, den mystiske maskerede mand bag Fox' hærgen for år tilbage, som har til hensigt at gennemføre sin plan om at herske over verden ved at indhylle den i illusioner.