Příběh nadcházejícího dílu se odehrává v zimě roku 2028, v období vrcholící poválečné rekonstrukce. V New Port City stoupá napětí kvůli demonstracím za zájmy zahraničních kartelů, které vyústí v incident se střelbou pořádkové policie. Vše začalo nákazou kybermozků, kterou vypustil terorista známý jako „Fire Starter“. Nezávislá útočná jednotka pod vedením Motoko Kusanagi svěřuje potlačení situace svým „ghostům“ a sleduje svou vlastní vizi spravedlnosti. Pod povrchem celého incidentu se skrývají „plechová dívka“ Emma a „strašák“ Burinda Junior. Zatímco Kusanagi řeší nastalou situaci, přibližuje se k tomu, co tito dva „ghosti“ ve skutečnosti hledali.