Pokračování seriálu Ghost in the Shell: Stand Alone Complex odehrávající se 2 roky po konci 2. série. Motoko Kusanagi mezitím opustila Sekci 9 a novým velitelem týmu se tak stal Togusa. Sekce 9 vyšetřuje sérii zdánlivě nesouvisejících incidentů, ale vyšetřování ukáže, že za vším nejspíš stojí jediný pachatel, hacker s přezdívkou "loutkář". Batou navíc odhalí, že i Motoko je do celého případu nějak zapletena. Mohla by právě ona být hledaný hacker?