Příběh se odehrává ve futuristickém Japonsku po skončení brutální světové války. Věda pokročila mílovými kroky a dala lidstvu možnost prodloužit si život a zmírnit utrpení pomocí sofistikované kybernetiky. Vzhledem k tomu, že celé lidstvo je propojeno do jediného systému myslí a osobností známých jako „ghosts“ (duchové), největší hrozbou pro civilizaci jsou kybernetičtí teroristé schopní ovládnout lidská těla i vzpomínky. Když se systémem začne šířit virus Fire-Starter, který napadá samotné „ghosty“ a vyústí v atentát na japonského premiéra, je povolána majorka Motoko Kusanagi a její elitní tým speciálních operativců, aby vypátrali jeho zdroj. Jak se noří čím dál hlouběji do vyšetřování, odhalují stopy vládní korupce a stínového prostředníka, který má až příliš povědomou tvář.