故事描述原本過著正常生活的主角櫻羽一時，某日發現自己居然是伊賀忍者第19代的正統繼承人。以此為契機，他將被捲入伊賀與甲賀忍者間長期對立的世界，並且迎接那殘酷的命運到來。