故事講述忍者 Kamui為了逃避自己的血腥過往，脫離忍者組織，隱姓埋名地生活著。然而由于他背叛了忍者古老的信條，一天夜晚，他的家人被前組織的暗殺者殘忍殺害。為了給親人複仇，Kamui重新化身為從前的自己。然而，二十一世紀的忍者是一個時代錯誤，因為他們要以殘酷而古老的技巧對抗高科技武器。Kamui要面對訓練有素的刺客、戰鬥機器人以及其它強大的忍者，來推翻他的前組織。