Trong một tương lai gần, nước biển dâng cao không rõ nguyên nhân đã nhấn chìm phần lớn nền văn minh. Ikaruga Natsuki, một cậu bé từng mất mẹ và một chân trong tai nạn, trở về ngôi nhà nông thôn và thấy nơi đây bị biển cả chiếm lĩnh. Cậu chỉ còn lại con tàu, tàu ngầm, và khoản nợ của bà ngoại, một nhà hải dương học quá cố. Để khôi phục tương lai đã mất, Natsuki chấp nhận lời đề nghị của người đòi nợ Catherine, bắt đầu tìm kho báu trong phòng thí nghiệm chìm dưới biển của bà. Thay vì của cải, họ tìm thấy Atri, một người máy giống hệt con người, đang ngủ trong quan tài dưới đáy đại dương.