Vào năm 2015, Angel (Thiên Thần), những sinh vật hung tợn to lớn mạnh mẽ và không rõ nguồn gốc, lần thứ hai xuất hiện tại thành phố Tokyo-3. Hi vọng duy nhất cho sự tồn tại của nhân loại được đặt vào Evangelion, một cỗ máy chiến đấu dạng người được phát triển bởi NERV, cơ quan đặc vụ của Liên Hiệp Quốc. Có khả năng chống trả lại các đòn công kích của Angel nhưng điểm yếu sót lại của Evangelion là chỉ một vài người có tố chất mới có thể điều khiển được. Đó phải là những thanh thiếu niên được sinh ra vào 14 năm trước, 9 tháng sau khi lần đầu tiên Angel xuất hiện. Trong đó có Ikari Shinji, một thiếu niên có bố là tổng chỉ huy NERV đã phát triển và đang điều hành Evangelion. Lần đầu tiên gặp mặt bố sau bao năm xa cách nhưng cậu đã bị bắt ép ngồi vào buồng lái Eva để chiến đấu chống chọi lại Angel. Trong hoàn cảnh ấy, Shinji phải quyết định lựa chọn chiến đấu hoặc đánh mất tất cả.