Godzilla geri döndü! Bu kez, dünya dışı bir yaratık olan Orga ile karşı karşıya. Orga, Godzilla'nın DNA'sını kullanarak dünyayı ele geçirmeyi planlar. İki dev canavar arasında patlak veren şiddetli savaş, Japonya'nın kaderini belirler. Bilim insanları ve savunma kuvvetleri, Godzilla'nın Orga'ya karşı verdiği mücadelede ona yardım etmeye çalışırken, Godzilla yıkıcı gücüyle her şeyi yerle bir eder.