JSDF pilotu Akane, Tateyama'da yeni bir Godzilla ortaya çıktığında kaderli bir karşılaşma yaşar. Karşı bir önlem olarak, orijinalin kalıntılarından Kiryu adında bir siborg inşa edilmiştir. Makinenin, orijinal canavarın huzursuz ruhunu barındırdığı ortaya çıkar çünkü Akane kendi hayatında da değer bulmayı öğrenmek zorundadır.