Blue Steel olarak bilinen korsan grup, savaşın seyrini lehlerine çevirebilecek Vibration Warhead Torpido'nun planlarını Amerika Birleşik Devletleri'ne teslim etme görevine devam ediyor. Ancak, düşmanlarından yeni bir tehdit ortaya çıkar; "Öğrenci Konseyi" şeklindeki ezici Sis Filosu; bu grup, gemilerin insansı avatarları olan kalan Mental Modellerden oluşan savaş gemileri grubudur ve henüz Blue Steel'in öngörülemez kaptanı Gunzou Chihaya ile karşılaşmamışlardır. Blue Steel, düşmanı kontrol eden otoritenin kökenlerini anlamaya yaklaştıkça, Iona'nın geçmişi savaşın başlangıcını ve insanlığın tarafını tutma sebebini ortaya çıkarır.