ไดมอน มาซารุได้พบกับอากุม่อนที่หลบหนีออกมาจาก DATS (ดิจิมอน ดาต้า สควอด) องค์กรลับของรัฐบาลที่คอยป้องกันโลกมนุษย์ให้รอดพ้นจากพวกดิจิม่อนที่คลุ้ม คลั่ง มาซารุกับอากุม่อนทะเลาะกันในทันที แต่ท้ายที่สุด ทั้งคู่ก็กลายเป็นเพื่อนกัน มาซารุกับอากุม่อนตกลงใจจะเข้าร่วมองค์กรDATS เพื่อพัฒนาตัวเองให้แข็งแกร่งขึ้นและต่อสู้กับเหล่าดิจิม่อนที่ออกมาอาละวาดในโลกมนุษย์