Den förlorade staden Atlantis har blivit funnen. Det är en hemlig grupp av vetenskapsmän som hittat platsen där den berömda staden Atlantis ligger. Men den låg inte där man trott att den skulle ligga, den ligger inte ens på jorden utan i en annan galax, närmare bestämt Pegasusgalaxen. Stargate Atlantis är en spin-off på den mycket populära serien Stargate SG-1 och vi får följa en multinationell forskar- och militärgrupp ledd av diplomaten Dr. Elizabeth Weir (Torri Higginson). Deras uppdrag är att utforska Atlantis och ta med sig det de upptäcker tillbaka till jorden. De är helt själva och har ingen möjlighet att ta sig tillbaka till jorden såvida de inte hittar någon teknologi i Atlantis som kan föra dem tillbaka.