Skozi tisočletje Tom (Hugh Jackman) išče to drevo oz. njegov dar. Nelinearna zgodba sledi Tomovi duši v treh ločenih reinkarnacijah. Vsaka hoče rešiti njegovo sorodno dušo Izzi (Rachel Weisz) z močjo Drevesa življenja.Film nam najprej predstavi Tomasa, poveljnika v službi kraljice Izabele. Da bi Španijo rešil pred inkvizicijo, dobi nalogo poiskati bajeslovno drevo in z neustrašnimi vojaki odide v skrivnostno majansko džunglo. V sedanjosti se dr. Tom Creo ukvarja z raziskavami učinkom zelišč na možganske tumorje. Ta tema ga zelo zanima, saj pri njegovi ženi Izzy odkrijejo tumor na možganih. Še posebej je zanimiva skorja neznanega drevesa s čudežnimi učinkovinami, ki deluje vsaj pri opicah. Ker ima časa zelo malo, mora Tom kljub klubovanju njegovih sočutnih, a pragmatičnih nadrejenih sodelavcev, pohiteti z raziskavami, da bi razkril skrivnost Drevesa in rešil svojo ženo.Svetlobna leta daleč Tommy prevaža Drevo v skrivnostni krogli. Prevevajo ga spomini na Izzi in na pretekla življenja.