La doi ani după evenimentele celui de-al Patrulea Mare Război Ninja, luna creată de Hagoromo Otsutsuki cu mult timp în urmă pentru a sigila Statuia Gedo începe să coboare spre lume, amenințând să devină un meteorit ce va distruge totul la impact. În mijlocul acestei crize, un descendent direct al lui Kaguya Otsutsuki, pe nume Toneri Otsutsuki, încearcă să o răpească pe Hinata Hyuga, dar ajunge să-i răpească sora mai mică, Hanabi. Naruto și aliații săi pornesc acum o misiune de salvare înainte de a se trezești implicați într-o bătălie finală pentru a decide soarta tuturor lucrurilor.