Digimon Fusion conta a história de um rapaz chamado Mikey Kudo que juntamente com os seus amigos, vai parar ao Mundo Digital onde encontra Shoutmon e outros amigos Digimon Munido de uma digiferramenta conhecida como Fusion Loader, Mikey é capaz de fundir múltiplos Digimon em um só para melhorar o seu poder, tendo Shoutmon como núcleo comum da combinação e usando uma técnica conhecida como "DIGIFUSION". Formando agora a Equipa Fusion Heart, Mikey, Shoutmon e os seus amigos viajam através do Mundo Digital para o libertar do maléfico Exército Bagra, liderado por Bagramon, e Twilight, um grupo maléfico dirigido por DarkKnightmon e com Nene como uma figura principal, antes de se juntar à equipa Fusion Heart.