Os Mushis são descritos como seres em contato com a essência da vida na sua forma mais básica e pura. Devido à sua natureza efémera, a maioria dos humanos são incapazes de perceber os mushis e são alheios à sua existência, mas há alguns que possuem a capacidade de ver e interagir com tais seres. Uma dessas pessoas é Ginko, o personagem principal da série. Ele emprega-se como um “Mushishi” (termo dado a pessoas que possuem a habilidade de ver Mushis) viajando de um lugar para outro a pesquisar mushis e a ajudar pessoas que sofrem de problemas causados por eles.