Madoka Kaname i Sayaka Miki to zwykłe licealistki, które prowadzą normalne życie, ale wszystko to się zmienia, gdy spotykają Kyuubeya, kociego chowańca i Homurę Akemi, nową uczennicę. Kyuubey proponuje im propozycję: spełni każde z ich życzeń i w zamian każda z nich stanie się magiczną dziewczyną, zdobywając wystarczającą moc, by spełnić swoje marzenia. Jednak Homura Akemi, która jest magiczną dziewczyną, namawia je, aby nie przyjmowały oferty, stwierdzając, że nie wszystko jest tym, czym się wydaje. Historia nadziei, rozpaczy i przyjaźni, Mahou Shoujo Madoka ★ Magica zajmuje się trudnościami bycia magiczną dziewczyną i ceną, jaką trzeba zapłacić, aby spełnić marzenie.