Tytułowa Sakurako Kujou to młoda kobieta z bogatej rodziny, która posiada dziwne hobby - jest zainteresowana kośćmi. Jej wybitne zdolności pozwalają na ich analizowanie, przez co zarówno Sakurako, jak i drugi bohater pierwszoplanowy, Shoutarou Tatewaki, uczeń liceum w mieście Asahikawa, zostają wplątani w wiele tajemniczych spraw.