Od straszliwej katastrofy, zwanej Drugim Uderzeniem (Second Impact), w której śmierć poniosła połowa ludzkości, minęło 15 lat. Na Ziemi pojawiają się tajemnicze, niszczycielskie byty, nazywane Aniołami. Ich celem jest Tokio­‑3, a dokładniej – „coś” ukrytego w kwaterze głównej organizacji NERV. Wrażliwy i niepogodzony ze sobą piętnastoletni Shinji Ikari przybywa do Tokio­‑3, wezwany przez swego ojca, szefa NERVu. Jednak nie chodzi tu o rodzinne spotkanie – Shinji spełnia warunki umożliwiające mu pilotowanie Evangeliona – ogromnego, biomechanicznego robota. Evangeliony są jedyną nadzieją na skuteczną walkę z Aniołami, same jednak mogą stanowić śmiertelne niebezpieczeństwo, wymykając się spod kontroli swych twórców… Shinji początkowo odmawia, szybko jednak okoliczności zmuszają go, by zasiadł za sterami Evangeliona.