W niedalekiej przyszłości nagłe i niewyjaśnione podniesienie poziomu morza pozostawi większość ludzkiej cywilizacji pod wodą. Ikaruga Natsuki, chłopiec, który kilka lat wcześniej stracił matkę i nogę w wypadku, wraca rozczarowany trudnym życiem w wielkim mieście i zastaje swój stary wiejski dom na wpół pochłonięty przez morze. Pozostawiony bez rodziny, jedyne, co mu pozostało, to statek i łódź podwodna pozostawione mu przez babcię-oceanolog oraz jej długi. Wyruszył, aby przeszukać zatopione ruiny laboratorium jego babci w celu znalezienia skarbu, który według plotek tam zostawiła. Ale to, co znajduje, nie jest bogactwem ani klejnotami; to dziwna dziewczyna śpiąca w trumnie na dnie morza. Atri. Atri jest robotem, ale jej wygląd i bogactwo emocji zmylą każdego, kto pomyśli, że jest żywą, oddychającą istotą ludzką. W dowód wdzięczności za uratowanie składa oświadczenie Natsuki: „Chcę wykonać ostatni rozkaz mojego pana. Dopóki tego nie zrobię, będę twoją nogą!”