"12 Monkeys" er basert på Terry Gilliams film ved samme navn fra 1995, og er et kappløp med tiden der særdeles mye står på spill. Vi følger ferden til en tidsreisende fra en post-apokalyptisk fremtid. Han dukker opp i nåtiden på et oppdrag for å lokalisere og utslette kilden til en dødelig pest som på sikt vil kunne utrydde hele den menneskelige rase.