Falling Skies opent in de chaotische nasleep van een buitenaards aanval die het grootste deel van de wereld volledig onhandig heeft gemaakt. In de zes maanden sinds de eerste invasie zijn de weinige overlevenden buiten grote steden samengekomen om de moeilijke taak van terugvechten te beginnen. Elke dag is een test van overleving, terwijl burger-soldaten de mensen in hun zorg beschermen en tegelijkertijd deelnemen aan een opstandige campagne tegen de bezettingsbuitenaardse troepen.