Den City is een stad met geavanceerde netwerksystemen waarin een VR-ruimte genaamd LINK VRAINS is gecreëerd door SOL Technologies. De Knights of Hanoi, een groep die hackt door middel van duelleren, en SOL Technologies zijn op zoek naar een mysterieus AI-programma. Yusaku Fujiki, ook wel bekend als Playmaker, is een eerstejaars middelbare scholier die erin slaagt dit AI-programma vast te krijgen terwijl hij probeert de waarheid over een incident in het verleden te achterhalen.