In de nabije toekomst, in een wereld die uit de menselijke verbeelding is geboren, verschijnen wat mensen geesten of monsters zouden noemen, en ze worden 'fantomen' genoemd. Haruhiko Ichijō, is een eerstejaars aan de Hosea Academy, samen met Mai Kawakami, die fantomen bestrijdt met de vaardigheid 'Geest van de Vijf Elementen', Reina Izumi, die de vaardigheid 'Fantoom-eter ' heeft, en Koito Minase, die in eenzaamheid tegen fantomen vecht. Ze ervaren de ups en downs van het leven op de middelbare school voordat een bepaald incident hen naar de waarheid van deze wereld leidt.