Alcohol, roken en stress: in het lichaam dat aan deze irriterende stoffen wordt blootgesteld, lijken de cellen die verantwoordelijk zijn voor het in stand houden van het leven een oorlog te voeren die nooit eindigt. Door een ernstig tekort aan arbeidskrachten moet Red Blood Cell AA2153 snel leren zuurstof af te leveren en kooldioxide op te vangen, zelfs in gevaarlijke omstandigheden. Ondertussen moet White Blood Cell U-1196 haar steentje bijdragen door tijdens levensbedreigende situaties om te gaan met ziektekiemen en virussen. Te midden van deze crises moeten ze samenwerken om het lichaam gezond te houden, ondanks dat ze niet weten of hun offers de moeite waard zullen zijn. Cellen aan het werk! Code Black hanteert een andere benadering door de ruigere kant te laten zien van de taken die onze cellen uitvoeren.