Het biotechbedrijf "Genom X" heeft de afgelopen 50 jaar gewerkt aan een geheim menselijk-genetisch programma, dat nu onverwachte gevolgen heeft. Het eigenlijke doel van het ambitieuze project was het ontcijferen van de genetische code van de mens. Op een dag moeten de genetici echter beseffen dat een van hun experimenten is mislukt. De proefpersonen ontwikkelden buitengewone krachten. De experimenten moeten in de doofpot worden gestopt. De ijskoude wetenschapper Mason Eckhart wil echter de controle krijgen over de zogenaamde "New Mutants" en ze gebruiken voor zijn eigen dubieuze doelen. De briljante wetenschapper Adam, die vroeger als hoofd biogeneticus voor "Genom X" werkte, wil een einde maken aan het werk van Eckhart. Dus richt hij de organisatie "Mutant X" op, die mutanten moet beschermen tegen Eckhart en zijn handlangers. Het leven van een hele generatie "nieuwe mutanten" hangt af van het succes van zijn werk.