Het speelt zich af in een kostschool van de middelbare school, genaamd Noble Academy. De hoofdpersoon Haruka Haruno is een 13-jarige eerstejaarsstudent. Haar grote droom is om ooit een prinses te zijn, omdat ze een prinses bewonderde in het prentenboek dat ze sinds haar jeugd heeft bijgehouden. Op een dag verandert ze in Cure Flora met de 'Dress Up Key' die Prins Kanata van Hope Kingdom haar gaf als geluksbrenger toen ze klein was. Dan vindt ze ook andere Pretty Cure-meisjes op haar school, de 14-jarige Minami Kaidou als Cure Mermaid en de 13-jarige Kirara Amanogawa als Cure Twinkle. Als het Princess Pretty Cure-team, met twee feeën Pafu en Aroma, vechten ze tegen de duistere heks Dyspear, die een hekel heeft aan alle dromen in de wereld en ze in wanhoop wil veranderen.