Na het succes in de Camelot Singularity worden Ritsuka Fujimaru en Mash Kyrielight toegewezen aan de laatste Singularity in het Grand Order-initiatief. In het oude Babylonië, 2500 v.Chr., beginnen ze aan een missie om het voortbestaan ​​van de mensheid veilig te stellen. Bij aankomst vernemen ze dat drie goden Uruk hebben bedreigd, de Babylonische stad geregeerd door koning Gilgamesj. Ritsuka en Mash moeten samenwerken om de invasie van mysterieuze beesten in Uruk af te weren onder bevel van Gilgamesj, terwijl ze de ware aard van de acties van de drie goden tegen de mensheid onderzoeken; maar onbekend bij Ritsuka, ontwaakt een oude entiteit langzaam uit zijn slaap.