De vier gemuteerde schildpadden Leonardo, Donatello, Raphael en Michelangelo leven hun leven in de riolen van New York met een gemuteerde rat genaamd Splinter en beoefenen de kunst van ninja. Op een dag wordt hun huis verwoest en op zoek naar een nieuwe plek om te wonen, staan ze de organisatie van de mysterieuze Oroko Saki (de Shredder) in de weg. Ze ontmoeten ook laboratoriumassistent April O"Neill, straatvechter Casey Jones en een nog onbekende vereniging wiens lot allemaal verbonden is met de machinaties van de shredder. Duistere en spannende nieuwe Turtles-serie, dit keer gebaseerd op de originele Eastmain- en Laird-strips.