FBI is een serie over het New Yorkse kantoor van de FBI, waarbij alle vaardigheden, intellect en de meest geavanceerde technologie van het Bureau worden gebruikt om New York en het land veilig te houden. Dit wordt onder anderen gedaan door speciaal agent Maggie Bell, een veteraan van het kantoor in Manhattan, en haar partner Omar Adom "OA" Zidan, die pas in dienst is en uit Queens, New York, komt. Hij werkte voorheen undercover voor de drugsafdeling. Assistent-speciaal agent Jubal Valentine leidt de onderzoeken vanuit het hightech kantoor in Manhattan, samen met analist Kristen Chazal.
Nadat een bom ontploft in een restaurant in Queens, wordt de zaak voor OA, die daar opgroeide, persoonlijk. Maar wat in eerste instantie lijkt op een terroristische aanslag, blijkt complexer te zijn en OA gaat undercover om nog een incident te voorkomen.
Nadat de zoon van een prominente mama-blogger is gekidnapt, moet het team haar twee miljoen volgers doorlopen om de dader te vinden. Kristen blijft zich aanpassen aan het leven als een veldagent met haar nieuwe partner.
Nadat een vooraanstaande vrouwelijke presidentskandidaat, Valerie Caldwell, het doelwit is van een autobom, moeten OA en Maggie zich haasten om de bommenwerper op te sporen voordat hij opnieuw toeslaat. De zaak leidt hen ertoe zich af te vragen of Caldwell het doelwit is van haar politieke ambities of iets anders.
Na een schietpartij in een nachtclub, lijkt het erop dat de FBI eerdere bedreigingen van een plaatselijke blanke groep supremacisten heeft genegeerd. Kristen worstelt ook met haar inzet voor het Bureau en haar verantwoordelijkheid voor haar gemeenschap.
Een liefhebbende echtgenoot en vader van twee, Jim Russo, wordt ontvoerd nadat hij per ongeluk betrokken was geraakt bij illegale transacties, veel verder dan hij dacht. Ook moet Jubal een moeilijke beslissing nemen over zijn familie en hun toekomst.
Nadat een Wall Street-investeerder is vermoord, wordt het team naar een ring met voorkennis geleid die onconventionele methoden gebruikt om informatie te verkrijgen. OA worstelt om vertrouwen te houden in zijn ontluikende relatie met Mona.
Wanneer een bestuurslid van een binnenkort te verschijnen medisch technologiebedrijf wordt vermoord, probeert het team erachter te komen wie het grootste motief heeft. OA is in conflict wanneer de druk om een familielid te helpen op gespannen voet staat met zijn toewijding om de waarheid te vertellen.
Wanneer het team zich verdiept in de omstandigheden rond een auto-ongeluk dat resulteerde in de dood van een fotograaf, realiseren ze zich dat er meer is dan je zou verwachten. Maggie leeft ook mee met zijn weduwe, Annie Weber, wanneer ze gelijkenissen opmerkt met de dood van haar eigen man.
Na een ruzie met een student wordt leraar Patrick Miller vermist, waardoor het team iedereen onderzoekt die misschien wrok tegen hem heeft gehad. Ook komt er een belangrijke getuige in de zaak om te helpen, en Maggie doet er alles aan om hun veiligheid te waarborgen.
Een voormalig slachtoffer van ontvoering is gekoppeld aan een reeks moorden waaronder de dochter van een NYPD-detective. Kristen begint te twijfelen aan haar bekwaamheid als agent na een trainingsoefening.
Nadat een zakenman met een geschiedenis van intimidatieclaims tegen hem is vermoord, vermoedt het team dat de moordenaar een van zijn vele beschuldigers is.
Een bankstilstand leidt het team naar een kluis, waarvan de inhoud de nationale veiligheid kan vernietigen; Kristen staat te popelen om weer aan het werk te gaan, terwijl andere teamleden zich nog steeds zorgen maken.
De zoon van een gepensioneerde FBI-agent is ontvoerd en het team moet onderzoeken of het een wraakactie is; Isobel moet hard bellen als informatie uit het verleden aan het licht komt.
Wanneer een Amerikaanse advocaat wordt gevonden op een steenworp afstand van het lichaam van een privé-escort, moet het team samenvoegen wat de twee schijnbaar willekeurige slachtoffers met elkaar verbond. Ook maakt Jubals band met een van de slachtoffers het vinden van de moordenaar veel persoonlijker.
Nadat een vrachtwagen vol met pantser doordringende geweren is gekaapt, werkt het team samen om te ontdekken wie het heeft gestolen en wat ze hebben gepland voor de gestolen wapens. Ook komt een vriend uit het verleden van OA in de militaire inlichtingeneenheid terug om te helpen met de zaak, maar OA weet niet zeker of hij zijn oordeel kan vertrouwen.
Nadat de politie het verzoek van een wanhopige vader om hulp heeft genegeerd, ontvoert hij de dochter van een miljardair en houdt hij haar in een bijna ondoordringbare veilige kamer gegijzeld totdat zijn eigen vermiste kind aan hem wordt teruggegeven. Jubal stelt zijn onderhandelingsvaardigheden op de proef.
Wanneer het team naar de plaats van moord wordt geroepen, vermoeden ze snel politieke motivatie, maar wanneer er weer een moord plaatsvindt, proberen ze een rode draad te ontdekken voordat er meer lichamen opstapelen. Maggie overweegt een beslissing die haar hele carrière zou kunnen beïnvloeden.
Jess LaCroix en zijn team komen om OA te helpen een voortvluchtige LaCroix te vinden die jaren geleden is gearresteerd nadat een bus met 26 studenten vermist is geraakt - en hij is de hoofdverdachte.
Het FBI-team onderzoekt een slechte drugsdeal nadat het lichaam van een student is gevonden. Ook komt rechercheur Hailey Upton tijdelijk bij het team en merkt dat haar gebruikelijke onderzoeksmethoden botsen met de meer dichtgeknoopte omgeving van het bureau.
