De nu 16 jaar oude Ben moet leren omgaan met de Ultimatrix, de opvolger van de Omnitrix. De situatie wordt lastig wanneer een fan van Ben, Jimmy, Bens geheim wereldwijd bekend maakt waardoor Ben een heldenstatus krijgt maar ook mikpunt wordt van wantrouwen. Samen met Gwen, Kevin en zijn grootvader Max zet Ben zijn strijd tegen buitenaardse bedreigingen voort.