Angel Beats vindt plaats in het hiernamaals en richt zich op Otonashi, een jongen die zijn herinneringen aan zijn leven verloor na het sterven. Hij is ingeschreven voor de hiernamaals school en ontmoet een meisje genaamd Yuri dat hem uitnodigt om lid te worden van het Battlefront van het hiernamaals - een organisatie die ze leidt die tegen God vecht. De Battlefront vecht tegen de studentenraad President Angel, een meisje met bovennatuurlijke krachten.