Een enorme kristallen catastrofe wordt losgelaten op Greenfield — en Ash, Pikachu en hun vrienden moeten uitzoeken hoe ze de schade aan de eens zo prachtige stad ongedaan kunnen maken. Dan gebeurt er iets vreselijks: de moeder van Ash wordt ontvoerd door de machtige Entei, een Pokémon waarvan werd gedacht dat hij alleen in legenden bestond.