Dua tahun selepas peristiwa Perang Ninja Besar Keempat, bulan yang dicipta oleh Hagoromo Otsutsuki lama dahulu untuk menutup Patung Gedo mula turun ke arah dunia, mengancam untuk menjadi meteor yang akan memusnahkan segala-galanya apabila hentaman. Di tengah-tengah krisis ini, keturunan langsung Kaguya Otsutsuki bernama Toneri Otsutsuki cuba menculik Hinata Hyuga tetapi akhirnya menculik adik perempuannya Hanabi. Naruto dan sekutunya kini melancarkan misi menyelamat sebelum mendapati diri mereka terlibat dalam pertempuran terakhir untuk menentukan nasib segala-galanya.