Mengikuti usaha kepahlawanan agensi kripto-zoologi Monarch apabila ahli-ahlinya berhadapan dengan bateri raksasa bersaiz tuhan, termasuk Godzilla yang perkasa, yang bertembung dengan Mothra, Rodan, dan musuh utamanya, Raja Ghidorah yang berkepala tiga. Apabila spesies super purba ini, yang dianggap sebagai mitos semata-mata, bangkit semula, mereka semua bersaing untuk ketuanan, meninggalkan kewujudan manusia tergantung dalam keseimbangan.