Kumpulan persendirian yang dikenali sebagai Blue Steel meneruskan misi mereka untuk menyampaikan pelan tindakan Torpedo Kepala Peledak Getaran, senjata yang boleh mengubah arus perang yang memihak kepada mereka, ke Amerika Syarikat. Walau bagaimanapun, ancaman baharu timbul daripada musuh mereka, Armada Kabus yang luar biasa dalam bentuk "Majlis Pelajar", sekumpulan kapal perang yang terdiri daripada baki Model Mental, avatar humanoid kapal, yang masih belum menghadapi kapten Blue Steel yang tidak dapat diramalkan, Gunzou Chihaya. Apabila Blue Steel semakin hampir untuk memahami asal-usul pihak berkuasa yang mengawal musuh, masa lalu Iona mendedahkan permulaan perang dan sebabnya untuk berpihak kepada manusia.